Markant vækst i genanalyser på Rigshospitalet

​Anvendelsen af genanalyser på Rigshospitalet er vokset markant de seneste 5-10 år. Rigshospitalet står godt rustet til at udnytte potentialet i undersøgelser af hele genet.
Kortlægningen af det humane genom i begyndelsen af dette årtusinde har banet vejen for en rivende udvikling i genundersøgelser på hospitaler verden over. Rigshospitalet har tidligt satset på forskning i genundersøgelser, og genanalyser bliver i disse år stadigt mere centrale i diagnosticeringen af mange sygdomme. Det forklarer professor Finn Cilius Nielsen, som er leder af Enhed for Genomisk Medicin. Enheden blev oprettet i 2010 som en del en strategisk satsning for at samle fagfolk og udnytte muligheden i en mere præcis gendiagnostik. 

Sundheds- og Ældreministeriet har sat 100 mio. kr. af til etableringen af Nationalt Genom Center, som skal sikre en god infrastruktur for anvendelsen af genundersøgelser i det danske sundhedsvæsen. Ifølge Finn Cilius Nielsen står Rigshospitalet godt rustet til at spille en vigtig rolle i udbredelsen af genombaseret diagnostik.

- Vi har været tidligt i gang, hvilket betyder, at vi har stor ekspertise hos os og i klinikkerne. Antallet af analyser vokser markant hele tiden, og vi kan se, at flere medicinske specialer begynder at anvende genanalyser som en rutinedel af diagnostikken, siger Finn Cilius Nielsen. 

I dag anvendes der hovedsageligt målrettede genomiske analyser. De fokuserer på bestemte dele af en patients arvemasse (exom-analyser), på specifikke paneler af gener eller særlige mønstre i genudtrykket. Alene i Enheden for Genomisk Medicin blev der sidste år foretaget ca. 4.000 af de komplicerede genomiske analyser. Omkring de 1.000 af disse var exom-analyser. For blot tre-fire år siden foretog klinikken kun 150 exom-analyser om året. 

Datamængde ganges med 50

Det nationale genomcenter skal ses i lyset af, at analyser af hele genomet inden for kort tid med al sandsynlighed kommer til erstatte de nuværende analyser. Til efteråret 2017 får Rigshospitalet nye sekventeringsmaskiner og en computerkraft, som gør det praktisk muligt at gennemføre hurtige helgenomanalyser.

- Mit bud er, at vi ved udgangen af 2017 vil udføre en del helgenomanalyser. De kommer ikke til at erstatte exom-analyser med det samme, men det sker inden for måske 3-5 år. Det bliver en glidende overgang, siger Finn Cilius Nielsen.

Udfordringen bliver, at datamængden bliver ganget med måske 50, hvis man sammenligner med exom-analyserne. Derfor skal konceptet for, hvordan man fortolker analyserne, udvikles, før det klinisk giver mening at bruge helgenomanalysen i den daglige drift. 

Af samme grund er Finn Cilius Nielsens afdeling er også begyndt at satse hårdt på ansættelsen af højtprofilerede bioinformatikere, der kan skabe mening i den voksende datamængde. Senest er den svenske professor Magnus Fontes blevet rekrutteret fra Lund.

Stadig brug for specialanalyser

Klinikchef Anne-Marie Gerdes fra Klinisk Genetisk Klinik fremhæver, at helgenomundersøgelserne er fremtiden, men at de ikke kan stå alene. Al diagnostik kræver en tæt kontakt til patienterne og kræver stor ekspertise inden for hvert sygdomsområde. 

- Datamængden bliver efterhånden så stor, at fortolkningen kan tage rigtigt lang tid. Udgangspunktet vil også fremover være, at vi kun anvender dele af den information, en sekventering af hele genomet kan give. Hvis vi så senere i patientforløbet har behov for at lede videre, er analyseresultaterne til rådighed, siger Anne-Marie Gerdes.

Hun fremhæver, at der dog stadig vil være brug for specialanalyserne, det kan f.eks. være til at undersøge familiemedlemmer for en bestemt genfejl, der er påvist i familien.

Klinisk Genetisk Klinik foretog sidste år ca. 25.000 genanalyser på patienter med f.eks. sjældne, arvelige sygdomme, cystisk fibrose og metaboliske sygdomme. Dele af den prænatale screening gennemføres også som genanalyser.

Seks forskellige genanalyser

På Rigshospitalet anvendes en række forskellige genanalyser til diagnostikken af et bredt udsnit af sygdomme. Analyserne findes i forskellige kombinationer. De væsentligste analysekategorier er:
  • Kromosom: Den klassiske analyse af kromosomer i en prøve med levende celler anvendes stadig. Cellerne fra prøven sættes til dyrkning, idet kromosomerne kun er synlige, når cellerne deler sig. Analysen er visuel og består i at tælle kromosomerne og analysere de enkelte kromosomers struktur. Generne (som ikke er synlige) er arrangeret som perler på en snor på et kromosom.
  • Enkelt gen: Indenfor mange sygdomsområder er det et bestemt gen, der medfører en sygdom som f.eks. cystisk fibrose. Det giver derfor størst mening kun at analysere dette ene gen, hvis der er mistanke om cystisk fibrose.
  • Paneler: En voksende del af de genetiske analyser består i dag af et udvalg af gener, som er relevant ud fra patients symptomer. Udvalget kaldes genpaneler, og som består af et antal gener fra to til flere hundrede. 
  • Exomet: Exomet består af de dele af genomet, der koder for proteiner. Man mener, at de fleste genetiske sygdomme skyldes genfejl i netop disse dele af genomet. Med denne analyse kan man nøjes med at undersøge 1-2 procent af genomet og har dermed størst chance for at finde den ansvarlige genfejl. 
  • Genekspression: Såkaldte mikroarray-analyser giver et øjebliksbillede af, hvilke gener i en celle der er aktive på et givent tidspunkt, idet den måler udtrykket af tusinder af gener i en enkelt analyse. På brystkræftområdet bruges analysen f.eks. rutinemæssigt til at inddele patienter i forskellige tumortyper. 
  • Helgenom: Sekventering af hele menneskets arvemasse kommer på sigt til at erstatte de øvrige genomiske analyser, efterhånden som pris og tidsforbrug på analyserne falder. Med en helgenomsanalyse er al information om genmutationer til rådighed. Man kan så vælge, hvilke dele af analysen man vil have svar på, når man skal diagnosticere en given patient. 

Gener er overalt

  • Hjertesygdomme, demens, kræft, migræne, rygsygdomme, cystisk fibrose – gener spiller en rolle i de fleste sygdomme. På flere områder er gentest allerede en vigtig del af diagnostikken, og der arbejdes systematisk med at opspore familiemedlemmer og tilbyde genetisk rådgivning.
  • Arvelige hjertesygdomme er et af de største områder . Her undersøges generne hos Sektion for Molekylærgenetisk Diagnostik i Klinisk Biokemisk Afdeling, der  afgiver svar på cirka 5.000 genanalyser hvert år.
  • Et af de nyeste gen-tilbud er test for cystisk fibrose, der blev en del af det nationale screeningsprogram for nyfødte sidste år. Efter indledende målinger på Statens Serum Institut foretager Klinisk Genetisk Klinik den endelige udredning af positive prøver for hele landet.  
  • Forskningsmæssigt opdages der stadig nye sammenhænge mellem gener og sygdom. Den nye viden skal bruges til at udvikle og tilbyde mere individuel behandling. 



Redaktør