Afdelingen er gennem sine professorer og lektorer involveret i prægraduat undervisning ved det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet. Udover undervisning af medicinstuderende, er afdelingen involveret i undervisning af studerende inden for f.eks. humanbiologi og fysik.

Afdeling for Klinisk Fysiologi og Nuklearmedicin har flere uddannelsesstillinger for læger, der ønsker at specialisere sig i klinisk fysiologi og nuklearmedicin. Uddannelse af kommende læger og speciallæger foregår både på Blegdamsvej og Glostrup.

Gennem kortere fokuserede ophold bidrager afdelingen også til speciallægeuddannelsen i bl.a. urologi, nefrologi og radiologi. Sidst, men ikke mindst, er der tilknyttet et stort antal ph.d- og specialestuderende til afdelingen (se mere under forskning​).

Afdelingens undervisningsaktiviteter er akkrediteret af Sundhedsstyrelsen og UEMS (Accreditation of Nuclear Medicine Training Centres Committee of the Section of Nuclear Medicine of the European Union of Medical Specialists).