Juliane Marie Centret består af seks afdelinger og en række tværgående enheder og videnscentre Afdelinger i Juliane Marie Centret Afdeling for Bedøvelse og OperationAfdeling for Børn og UngeAfdeling for Børn og Unge med Kirurgiske SygdommeAfdeling for Gynækologi, Fertilitet og FødslerAfdeling for Intensiv behandling af nyfødte og mindre børnAfdeling for Vækst og Reproduktion Tværgående enheder udgående fra JMC BørneUngeProgrammetBørn og Unge, Palliativt Team, klinik 9931Center for KønsidentitetCenter for Seksuelle OvergrebCenter for Sjældne SygdommeDen tværfaglige Forskningsenhed for Kvinders, Børns og Familiers SundhedEnhed for Global SundhedEnhed for Kirurgisk PatofysiologiEnheden for Medfødte HjertesygdommeKlinik for Ernæringsterapi til Børn og Unge (Ernæringsterapi til Børn og Unge, klinik 4064)Simulationsenheden i JMC SocialrådgivningUngdomsmedicinsk Enhed Videnscentre i JMC Videnscenter for Amning af Børn med Specielle BehovVidenscenter for BørnesmerterVidenscenter for Ernæringsterapi til syge Børn og UngeVidenscenter for Klinisk Neuropsykologi, Børn og UngeKlinik for Børn og Unge med Inkontinens (VIBU)Videnscenter for Tidligt Fødte Børn