Big data skal udfylde huller i viden om intensivpatienter

​​Nyt projekt i Intensiv Terapiklinik vil anvende big data til at skabe modeller, der bedre kan forudsige intensive patienters forløb og behandlingseffekt.​​

​​

Når patienter med akut, livstruende sygdom kommer i behandling på landets intensive afdelinger, har lægerne i dag forholdsvis ringe forudsætninger for at forudsige patienternes overlevelse. Om de risikerer at få et meget langvarigt forløb, og i hvilken grad de kommer til at bevare deres funktionsniveau efter udskrivelsen fra hospitalet. Det er meget komplekst at forudsige, da der er så mange forhold i patientens historie og nuværende status, som har indflydelse på det samlede behandlingsresultat. Big data kan give mange af svarene, lyder det fra professor, overlæge Anders Perner, Intensiv Terapiklinik i Abdominalcentret på Rigshospitalet:

Behov fo​r n​​ye modeller

– Som det er i dag, kan vi ikke i tilstrækkelig grad forudsige udfaldet af patienternes forløb. Derfor vil vi i samarbejde med datafolkene fra Københavns Universitet forsøge at udvikle nye modeller, der bedre kan forudsige vores patienters overlevelse og udsigt til bedring – også efter hospitalet.

På intensivafdelingerne bliver patienterne fulgt tæt af sundhedspersonale døgnet rundt, og der registreres mange data på meget kort tid. Men til trods for at der er masser af data at bygge på, har man endnu ikke værktøjerne til i tilstrækkelig grad at udnytte disse data. Ofte må lægerne skyde med spredehagl, fordi de eksisterende modeller for forudsigelsen er upræcise.

– Det er jo ikke sådan, at vi ikke bruger data i klinikken i dag – tværtimod. Vi samler masser af data og gør det systematisk som led i behandlingen, og vi har en god idé om, hvad der virker. Men med nye modeller på hånden er det mit håb, at vi kan tage et tigerspring i udredning og behandling af de kritisk syge patienter. Vi kommer til at kunne skelne mellem tusindevis af mønstre frem for kun ganske få. Og vi vil kunne udfylde de manglende huller i vores viden om patienternes tilstand og forløb, siger Anders Perner.

Det livslang​​e perspektiv

Som noget nyt vil forskerne kigge på det livslange perspektiv holdt op imod data fra 7.000 akutte og intensive forløb. Det sker blandt andet ved at analysere patientjournaler ved hjælp af 'text mining', en metode, der kan skimme tekst og koble relevante formuleringer til den samlede dataanalyse. Forskerne vil også se på historiske patientdata fra Landspatientregistret, 20-30 år tilbage i tiden. Det sker for at få hele sygdomsbilledet med, også i perioder, hvor der ikke har været så hyppig registrering af data som under indlæggelsen på den intensive afdeling.

Projektet er netop gået i gang i Intensiv Terapiklinik og løber over en femårig periode for en bevilling på 15 mio.kr. fra  Innovationsfonden. Det er professor Søren Brunak og hans team fra Center for Protein Research på Københavns Universitet, der står i spidsen for dataanalyserne. Analyserne bliver kørt af en af DTUs supercomputere, der gør det muligt at dykke ned i millioner af forskelligartede patientdata – på tværs af tidsskalaer.

Mission big da​​ta er begyndt​

Professor Søren Brunak fra Center for Protein Research ved Københavns Universitet og Rigshospitalet har en mission. Han vil alliere sig med sundhedsforskere og bruge supercomputere til at finde mønstre i sundhedsdata, der kan forbedre behandlingen og øge forståelsen af sygdommes udvikling.

Når supermarkeder som Coop og søgetjenester som Google kan arbejde med kæmpe mængder af data og få noget værdifuldt ud af millioner af forbrugeres og milliarder af internetbrugeres mønstre, må den enorme mængde af sundhedsdata, der findes på danske patienter, også indeholde en guldgrube af viden, der kan komme patienterne og samfundet til gavn. Det er devisen, Søren Brunak arbejder ud fra.

– Danmark bugner af sundhedsdata. Og datakilderne er uendelige og langt fra ensartede – lige fra patientjournaler, historiske data fra patientregistrene, blodprøvesvar, billeddiagnostik og tekstbidder. Min opgave er at finde system og mening i de data, siger Søren Brunak.

Supercom​puter ​​nødvendig

Der er mange forskellige datatyper, og det er ofte kun er muligt at bearbejde dem meningsfuldt ved hjælp af meget kraftfulde computerressourcer – en såkaldt supercomputer. Med supercomputeren kan alle typer af data til gengæld være med til at tegne et mere finkornet symptombillede i sygdommes udvikling over lange tidsrum, og det er en vigtig pointe, forklarer Søren Brunak:

– For mig handler big data ikke om, at mange data giver værdi i sig selv. Men at den viden og de statistiske sammenhænge, vi kan udtrække ved at sammenholde datatyper og sende dem gennem en stor maskine, kan understøtte forskningen i behandling af sygdomme. Vi skal bruge de store mængder af data, vi har tilgængelige, til at se relevante mønstre og tendenser i patientforløb. Finder vi nye sammenhænge, der fører til ny og forbedret klinisk praksis, så er min mission opnået.

Forskningsområdet big data er vokset de senere år, og Søren Brunak har været en af drivkræfterne bag den udvikling.

– Den data-drevne metode, modsat ​den traditionelle hypotesedrevne tilgang til forskning, har den fordel, at vi ikke er nødt til at vide på forhånd, hvad vi leder efter. Til gengæld har vi en masse data, som vi forsøger at finde forskellige sammenhænge i. Det er et godt aktiv i jagten på at finde nye hypoteser og identificere behandlingsmål, siger Søren Brunak.

Sparringspartner f​or klinikerne

Udover Københavns Universitet er Søren Brunak blandt andet tilknyttet Global Excellence Centret Persimune på Rigshospitalet. Som sparringspartner for de kliniske forskningsmiljøer former han konstant nye forskningsalliancer og søsætter projekter, hvor big data kan gøre en forskel for sundhedsvæsnet. I regi af Rigshospitalet er der blandt andet indledt nye projekter med intensivpatienter samt kræft- og HIV-patienter, hvis forløb nu bliver genstand for big data-analyser.

​Københavns Universitet og Region Hovedstaden har som fælles mål at skabe ny viden og nye løsninger, der gavner patienter og borgere. Et styrket samarbejde på tværs af faglige miljøer på hospitaler og universitetet har til hensigt i tæt dialog med private og offentlige aktører at imødekomme fremtidens sundhedsudfordringer og skabe vækst i Greater Copenhagen området.

Redaktør Jesper Sloth Møller​​
Redaktør