Exomsekventering – et effektivt redskab til udredning af sjældne sygdomme

​Implementering af ny teknik på Klinisk Genetisk Klinik sikrer hurtig udredning af børn hvor der er mistanke om en genetisk sygdom, til gavn for både børn og deres forældre.

​​​

Det kan være svært at finde den præcise årsag til et barns sygdom. Der kan fx være mange forskellige årsager til mental retardering, muskelsvaghed eller stofskiftesygdomme.  Børn med denne type symptomer har i mange tilfælde været gennem et langt udredningsforløb uden en endelig afklaring af årsagen til sygdommen. Dette påvirker både børn og forældre, og kan udgøre en ekstra belastning hvis forældrene ønsker flere børn.

På Klinisk Genetisk Klinik kan man nu tilbyde disse børn og deres familier exomsekventering, der er en screeningmetode til at undersøge for mutationer i samtlige kendte gener. Selve metoden er ikke ny, men har hidtil ikke været implementeret som et diagnostisk tilbud i klinisk genetisk regi i Danmark. 

Med exomsekventering kan man på en gang undersøge for mutationer i de ca. 5000 gener man i dag ved er associereret med en kendt sygdom. Tidligere var man nødt til at teste gener et af gangen, eller få foretaget diagnostisk exomsekventering i udlandet, hvorved undersøgelsestiden ofte blev lang.

Klinisk Genetisk Klinik har organiseret exomsekventering således, at laboratoriets medarbejdere selv foretager både genetisk rådgivning, genetisk testning og dataanalyse. Analysedelen er meget omfattende og foregår i tæt samarbejde mellem laboratoriets kliniske laboratoriegenetikere og klinikkens læger. 

Det er primært det tætte samarbejde mellem laboratorium og læger, der muliggør en effektiv prioritering og hurtig svartid til gavn for patienterne og deres pårørende, forklarer laboratorieleder Morten Dunø fra Klinisk Genetisk Klinik. Indtil for nylig blev prøver ofte sendt til udlandet og en svartid på over 12 måneder var ikke ualmindelig. Nu kan almindelige analysesvar ofte afgives inden for 5-6 måneder.

Ved graviditet hos par med et barn med en uafklaret diagnose har det i nogle tilfælde været muligt at sikre en diagnostisk afklaring i løbet af kun 3-4 uger. Det er markant hurtigere end tidligere, og har betydet at der i disse familier har kunnet foretages prænatal diagnostik.

Analysen foretages ofte på DNA isoleret fra en blodprøve. Sekventeringen af alle generne tager kun omkring 3 dage, men herefter venter et omfattende analysearbejde af de omkring 50.000 genvarianter der typisk påvises. Det er langt fra altid nemt at identificere den eller de få varianter der giver sygdom. 

Dataanalysen foregår i et tæt samarbejde mellem de kliniske laboratoriegenetikere Lotte Risom og Jakob Ek, der vurderer den biologiske betydning af de enkelte varianter, og overlæge Elsebet Østergaard der bedømmer varianterne i relation til patientens kliniske sygdomsbillede. Dette set-up kombinerer specialviden om genetiske varianter med viden om sjældne sygdomme og er afgørende for et effektivt patientforløb. 

Hvis barnet f.eks. har en variant, som ikke er kendt, undersøger man om samme variant findes hos mor eller far for dermed at kunne afgøre, om det er den variant, der medfører sygdom hos barnet. Man sammenligner også alle varianter med et større materiale af raske personer for hurtigt at kunne udelukke hyppigt forekommende varianter, som oftest er uden klinisk betydning. Selve analysearbejdet med at 'finde nålen i høstakken', tager samlet mellem 3 og 4 uger.

Forud for iværksættelse af exomsekventering har familien været til genetisk rådgivning på Klinisk Genetisk Klinik, hvor de bl.a. informeres om sandsynligheden for at påvise en genetisk årsag til barnets sygdom og muligheden for såkaldte tilfældighedsfund, dvs. fund af varianter med klinisk betydning, som ikke forklarer barnets sygdomsbillede. Familien får også svar på analysen af lægerne i Klinisk Genetisk Klinik.

I internationale undersøgelser stilles en diagnose ved exomsekventering hos 20-30 % af børn hvor en genetisk sygdom mistænkes, og Klinisk Genetisk Klinik har en tilsvarende "succesrate". Exomsekventering er altså en effektiv metode, som også fremover må forventes at være et vigtigt redskab i udredningen af sjældne genetiske sygdomme.

Redaktør