Klinisk Mikrobiologisk Afdeling er en tværgående laboratorieafdeling med klinisk rådgivende aktivitet hvad angår diagnostik og behandling af infektionssygdomme forårsaget af bakterier, virus, parasitter og svampe.
Afdelingen modtager prøver fra samtlige Rigshospitalets afdelinger og fra enkelte afdelinger uden for Rigshospitalet. Afdelingen har lægelig døgnvagt. Endvidere arbejder afdelingen nært sammen med Rigshospitalets hygiejnefunktion.
Afdelingen har universitetsfunktion i uddannelsen af læger, og afdelingens forskningsområde er først og fremmest kroniske lungeinfektioner hos patienter med cystisk fibrose, mavesår forårsaget af Helicobacter, Malaria- og Leishmania-infektioner erhvervet i troperne, epidemiske forhold ved respirationsvirus infektioner og parvovirus infektioner samt diarre sygdomme og hjerteklapbetændelse.