Afdelingens forskningsområder er først og fremmest kroniske lungeinfektioner hos patienter med cystisk fibrose, mavesår forårsaget af Helicobacter og Malaria- og Leishmaniainfektioner erhvervet i troperne.
Herudover forsker afdelingen i epidemiske forhold ved infektioner med respirationsvirus og parvovirus samt i diarré-sygdomme og betændelse i hjerteklapperne.
Klinisk Mikrobiologisk Afdeling deltager desuden i afprøvningen af nye antibiotika og har et stort international samarbejde med forskere i en lang række andre lande og har stipendiater fra bl.a. Kina og Afrika.